Yer yapısı, kısmen II.Jeolojik zamanda meydana gelmiştir. Tarihi Boyabat Kalesinin bulunduğu kayaların temeli billuri şistlerden üzeri tebeşir devri kalkeridir.Boyabat arazisi engebelidir. İsfendiyar dağları ve doğu Ilgaz sıradağlarının kapladığı alan Boyabat’a aittir. Bu sıradağlar arasında akarsu yatakları , bazı düzlükler ve yaylalar bulunmaktadır.
İlçe sınırından geçmekte olan Gökırmak bir vadi meydana getirmiştir.Bu vadi tabanında tarımsal değeri yüksek kültür arazileri oluşmuştur. Bu toprakların % 60’ı sulanabilmektedir. Yüksek dağlar ve tepeler kısmen ormanlık, kısmen fundalık, büyük bir kısmı da çıplaktır.
Belli başlı dağları Karageriş,Elekdağı, ve Dıranazdır.
Deniz etkisinden uzak olan Boyabat’ta genellikle karasal iklim görülür. Yazlar sıcak, kışlar soğuktur. Yağmur en çok ilkbaharda yağar.Ortalama yağış miktarı 400-500 mm civarındadır.